Chemat de autorităţi Braşovului, după 1532 Johannes Honterus s-a reîntors în oraşul natal, unde este primit cu onoruri şi ales în demnităţi publice. A lucrat la instalarea tipografiei în Braşov, cea de a treia tiparniţă după cele din Târgovişte (1508) şi Sibiu (1529).
Sub îngrijirea sa, în tipografia braşoveană au apărut:
– primele cărţi laice din spaţiul românesc
– primele cărţi în limba latină şi greacă din România
– primele scrieri ale autorilor antici, printre care Aristotel, Seneca
– ediţia definitivă a cosmografiei sale, Rudimenta Cosmographica, în 1542, în versuri, lucrare reeditată mult în Europa
– prima tipăritură cu conţinut reformator religios din ţară, „Cartea Reformei” în 1543, apreciată de Martin Luther
– prima carte în limba germană din Transilvania, Cântece bisericeşti, a predicatorului braşovean Andreas Moldner în 1543
– cea mai veche lucrare juridică din România, o culegere de maxime din colecţiile de legi ale împăratului Iustinian
– Manualul de drept civil, pentru oraşele şi scaunele săseşti din Transilvania, în limba latină în 1544 şi tradus în 1545 în limba germană
– cea mai veche tipăritură muzicală din România, Odae cum harmoniis, din 1548
Cărţile tipărite de Honterus au ca emblemă a tipografiei stema Braşovului reprezentată de o coroană asupra unui trunchi de copac cu rădăcini, gravată în lemn chiar de Honterus. Emblema medievală a Braşovului, aşa cum o cunoaştem azi, a fost creată de Honterus.
La iniţiativa sa, se înfiinţa la Braşov moara de hârtie la 1545, având ca proprietari pe Johann Fuchs şi Johann Benkner, care a funcţionat până la 1600.
Ca urmare a influenţei gândirii umaniste şi activităţii şcolare a lui Honterus, braşovenii au hotărât ca Mănăstirea Ecaterinei, situată la S-V de Biserica Neagră, să fie transformată în şcoală în 1541. Astfel, apărea la Braşov primul gimnaziu umanist din ţară şi din S-E Europei, pentru care Honterus elabora în 1543 primul regulament şcolar Constitutio Scholae Coronensis. Potrivit acestuia, una dintre îndatoririle elevilor era prezentarea unor piese de teatru (două comedii anual), Honterus fiind iniţiatorul teatrului şcolar din ţara noastră, care a avut prima reprezentaţie atestată documentar la 1542. Elevii se puteau asocia şi organiza în “republica elevilor” (Schüller coetus). Din 1544 există şi prima menţiune a unei şcoli pentru fete întemeiată în urma reformei şcolare a lui Honterus. La 1547 la îndemnul său a fost instalată şi o bibliotecă şcolară într-o clădire proprie, cea dintâi construită în ţară pentru acest scop, situată azi la adresa Curtea Johannes Honterus nr 7-8. Biblioteca a fost distrusă aproape în întregime în marele incendiu din 21 aprilie 1689, fiind salvate doar 26 de volume, păstrate până în prezent.
La 23 ianuarie 1549 a închis ochii şi a fost îngropat în altarul Bisericii Negre. Statuia lui Honterus din faţa Bisericii Negre a fost turnată în 1898, la 400 de ani de la naşterea lui Honterus, şi îl arată pe marele reformator cu o carte în mână arătând spre şcoală. Pe soclul statuii sunt mai multe plăci în bronz, una dintre ele reprezentându-l pe Honterus în ipostaza de tipograf.